El concepto más importante a entender es el sistema de paquetes Debian. Esencialmente, podría considerarse que gran parte de tu sistema está bajo el control del sistema de paquetes. Esto incluye:

Por ejemplo, si sustituyes /usr/bin/perl, éste funcionará, pero si luego actualizas tu paquete perl, se sustituirá el fichero que pusiste en su lugar. Los usuarios avanzados pueden evitar esto poniendo los paquetes en estado “hold” (“retenido”), en aptitude.

Uno de los mejores métodos de instalación es apt. Puede utilizar la versión de línea de comandos de apt así como herramientas como aptitude o synaptic (que no son más que interfaces gráficas para apt). Tenga en cuenta que apt también le permitirá fusionar main, contrib, non-free y non-free-firmware para que pueda tener paquetes restringidos (estrictamente hablando no pertenecientes a Debian) así como paquetes de Debian GNU/Linux al mismo tiempo.

Hay repositorios de software oficiales y no oficiales que no se activan durante la instalación predeterminada de Debian. Contienen software que muchos consideran importante y esperan tener. Se puede encontrar información sobre estos repositorios adicionales la wiki de Debian litulada The Software Available for Debian's Stable Release.

Las versiones alternativas de la aplicaciones se manejan con update-alternatives. Si mantienes múltiples versiones de tus aplicaciones, lee la página de manual de update-alternatives.

Cualquier tarea bajo supervisión del administrador del sistema debe estar en /etc, ya que éstos son ficheros de configuración. Si tienes una tarea cron de root que se ejecuta diaria, semanal o mensualmente, colócala en /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Estos programas se llaman desde /etc/crontab y se ejecutarán en orden alfabético, con lo que se serializan.

Por otro lado, si tienes una tarea cron que (a) necesita ejecutarse como un usuario específico, o (b) necesita ejecutarse en un momento o frecuencia específica, puedes usar tanto /etc/crontab como /etc/cron.d/whatever. Estos ficheros específicos también tienen un campo adicional que te permite definir la cuenta de usuario bajo la que se ejecuta la tarea.

En cualquier caso, simplemente edita los ficheros y cron se dará cuenta automáticamente. No hay necesidad de ejecutar una orden especial. Para más información consulta cron(8), crontab(5) y /usr/share/doc/cron/README.Debian.