Per aturar un sistema Debian GNU/Linux, ni heu de reiniciar prement el botó de reiniciar l'ordinador, ni heu de prémer el botó d'apagar. Per evitar que es perdin fitxers o es produeixin errors al disc hauríeu d'aturar-lo de manera controlada. Si utilitzeu un entorn d'escriptori, és comú tenir a l'abast l'opció «Surt» al menú que us permet apagar (o reiniciar) el sistema.

De forma opcional podeu utilitzar la combinació de tecles Ctrl+Alt+Del . Si la combinació de tecles no funciona, la darrera opció és entrar com a superusuari i escriure una de les ordres d'aturada. Feu servir l'ordre reboot per a reiniciar el sistema. halt per a aturar-ho sense apagar-ho ^[14]. Per a apagar el sistema, feu servir l'ordre poweroff o shutdown -h now. El sistema d'inici «systemd» aporta ordres addicionals per a les mateixes funcions: per exemple systemctl reboot o systemctl poweroff.