Minimal, GNU/Linux membutuhkan satu partisi untuk dirinya sendiri. Anda dapat memiliki satu partisi yang berisi seluruh sistem operasi, aplikasi, dan berkas pribadi Anda. Kebanyakan orang merasa bahwa partisi swap terpisah juga merupakan suatu keharusan, meskipun itu tidak sepenuhnya benar. “Swap” adalah ruang kotretan untuk sistem operasi, yang memungkinkan sistem untuk menggunakan penyimpanan disk sebagai “memori virtual”. Dengan menempatkan swap pada partisi terpisah, Linux dapat membuat penggunaan yang jauh lebih efisien. Dimungkinkan untuk memaksa Linux untuk menggunakan berkas biasa sebagai swap, tetapi tidak disarankan.

Namun kebanyakan orang memilih untuk memberikan GNU/Linux lebih dari jumlah minimum partisi. Ada dua alasan Anda mungkin ingin memecah sistem berkas menjadi sejumlah partisi yang lebih kecil. Yang pertama adalah untuk keamanan. Jika sesuatu terjadi pada sistem berkas yang rusak, umumnya hanya satu partisi yang terpengaruh. Dengan demikian, Anda hanya perlu mengganti (dari cadangan yang telah Anda simpan dengan hati-hati) sebagian dari sistem Anda. Minimal, Anda harus mempertimbangkan untuk membuat apa yang biasa disebut “partisi root”. Ini berisi komponen paling penting dari sistem. Jika ada partisi lain yang rusak, Anda masih dapat boot ke GNU/Linux untuk memperbaiki sistem. Ini dapat menyelamatkan Anda dari kesulitan karena harus memasang ulang sistem dari awal.

Alasan kedua umumnya lebih penting dalam pengaturan bisnis, tetapi itu sangat tergantung pada penggunaan mesin Anda. Misalnya, server surat yang di-spam dengan surel dapat dengan mudah memenuhi partisi. Jika Anda membuat /var/mail partisi terpisah di server surel, sebagian besar sistem akan tetap berfungsi bahkan jika Anda di-spam.

Satu-satunya kelemahan nyata untuk menggunakan lebih banyak partisi adalah sering kali sulit untuk mengetahui terlebih dahulu apa kebutuhan Anda nantinya. Jika Anda membuat partisi terlalu kecil maka Anda harus memasang ulang sistem atau Anda akan terus memindahkan barang-barang untuk memberi ruang di partisi berukuran kecil. Di sisi lain, jika Anda membuat partisi terlalu besar, Anda akan membuang-buang ruang yang bisa digunakan di tempat lain. Ruang disk murah saat ini, tetapi mengapa membuang uang Anda?