まず理解すべき最も重要な考え方に、Debian のパッケージングシステムがあります。基本的に、システムの大部分はパッケージングシステムの管理下にあると考えられています。このパッケージングシステムによって管理されるディレクトリには、以下のディレクトリが含まれています。

例えば、/usr/bin/perl をあなたが別に用意したファイルで置き換えたとしても、その動作には問題はありません。ただし、後で perl パッケージを更新すると、あなたが置いたファイルはパッケージによって置き換えられてしまいます。これを避けるには、aptitude でパッケージを 「hold」 (保留) するという操作を行います。

One of the best installation methods is apt. You can use the command line version of apt as well as tools like aptitude or synaptic (which are just graphical frontends for apt). Note that apt will also let you merge main, contrib, non-free, and non-free-firmware so you can have restricted packages (strictly speaking not belonging to Debian) as well as packages from Debian GNU/Linux at the same time.

Debian のデフォルトインストールでは有効にならない、公式・非公式のソフトウェアリポジトリがあります。この中には、重要で当然インストールしておくソフトウェアもたくさんあります。こういった追加リポジトリの情報は、Debian Wiki の The Software Available for Debian's Stable Release ページにあります。

複数のバージョンがあるアプリケーションは、update-alternatives で管理されています。同種のアプリケーションを複数保守する場合は、update-alternatives の man ページをご覧ください。

システム管理者権限のもとで実行するジョブは、設定ファイルのある /etc に置いてください。毎日、毎週、毎月 root で実行する cron ジョブがあれば、/etc/cron.{daily,weekly,monthly} に置いてください。これらは /etc/crontab から呼び出され、アルファベット順に実行されます。

一方、特定のユーザで実行する必要がある cron ジョブや、特定の時間または頻度で実行する必要がある cron ジョブには、/etc/crontab あるいは /etc/cron.d/whatever が使えます (後者の方が望ましい)。これらのファイルには cron ジョブを実行するユーザアカウントを明記する特別なフィールドがあります。

どちらの場合も、ファイルを編集するだけで cron が自動的に実行してくれます。特別なコマンドを実行する必要はありません。詳しい情報は cron(8)、crontab(5)、/usr/share/doc/cron/README.Debian をご覧ください。