稼働中の Debian GNU/Linux システムをシャットダウンする際には、コンピュータの前面や背面にあるリセットスイッチで再起動させたり、いきなり電源を落したりしてはいけません。Debian GNU/Linux は適切な手順でシャットダウンすべきで、さもないとファイルを失ったりディスクにダメージがもたらされたりします。デスクトップ環境を実行している場合は、通常システムのシャットダウン (または再起動) を可能にする、アプリケーションメニューから利用できる 「ログアウト」 用のオプションがあります。

もう一つの方法として、Ctrl+Alt+Del のキーを同時に押す方法が使えます。このキーの組合せが効かない場合、最後の選択肢として、root でログインして必要なコマンドを打ち込んでください。システムを再起動するには reboot と打ち込んでください。 電源を入れたままでシステムを停止するには halt を使ってください^[15]。マシンの電源を落とすには poweroff または shutdown -h now を使ってください。systemd init システムでは例えば systemctl reboot や systemctl poweroff 等、同一の機能を果たす追加のコマンドを提供しています。