Hệ thống GNU/Linux cần thiết ít nhất một phân vùng riêng. Phân vùng đó có thể chứa toàn bộ hệ điều hành, tất cả các ứng dụng và tập tin cá nhân. Phần lớn người xem là cũng cần thiết một phân vùng trao đổi. Chỗ “trao đổi” (swap) là sức chứa hỗn tạp cho hệ điều hành, cho phép hệ thống sử dụng sức chứa trên đĩa là “bộ nhớ ảo”. Bằng cách để chỗ trao đổi trên phân vùng riêng, bạn cho Linux khả năng rất tận dụng bộ nhớ đó hơn. Có thể ép buộc Linux sử dụng tập tin chuẩn là chỗ trao đổi, nhưng mà phương pháp đó không khuyến khích.

Phần lớn người cũng chọn cho hệ thống GNU/Linux có hơn số phân vùng tối thiểu. Có hai lý do bạn có thể muốn chia hệ thống tập tin ra nhiều phân vùng nhỏ hơn. Lý do thứ nhất là sự an toàn. Nếu cái gì xảy ra để hỏng hệ thống tập tin, thường chỉ một phân vùng riêng bị hại. Vì vậy bạn cần phải phục hồi (từ bản sao lưu bạn thường tạo) chỉ một phần của hệ thống. Bạn nên tạo tối thiểu một phân vùng riêng thường được gọi như là “phân vùng gốc” (root partition), mà chứa những thành phần chủ yếu nhất của hệ thống. Nếu phân vùng khác nào bị hỏng, bạn vẫn còn có khả năng khởi động vào GNU/Linux trên phân vùng riêng này, để sửa chữa hệ thống. Phân vùng gốc này có thể tránh trường hợp mà bạn cần phải cài đặt lại toàn bộ hệ thống.

Lý do thứ hai thường là quan trọng hơn trong trường hợp kinh doanh, nhưng nó thật sự phụ thuộc vào cách sử dụng máy tính. Chẳng hạn máy phục vụ thư tín tràn ngập bởi thư rác có thể chiếm dễ dàng toàn bộ phân vùng. Nếu bạn đã cấu hình vùng thư tín /var/mail là phân vùng riêng trên máy phục vụ thư tín, phần lớn của hệ thống còn lại hoạt động được thậm chí nếu nó bị rác tràn.

Mặt không thuận lợi thật duy nhất khi sử dụng phân vùng thêm là thường khó biết trước các nhu cầu của mình. Nếu bạn cấu hình phân vùng quá nhỏ, bạn sẽ phải hoặc cài đặt lại hệ thống, hoặc cũng luôn chuyển các thứ ra để tạo chỗ rảnh trong phân vùng thấp nhỏ đó. Mặt khác, nếu bạn cấu hình phân vùng quá lớn, bạn sẽ hoài phí sức chứa có thể được tận dụng trên vùng khác. Hiện thời sức chứa trên đĩa là rẻ, nhưng tại sao xài phí tiền?