Hvis du bruger en ny harddisk (eller ønsker at rydde hele partitionstabellen for din disk), så skal en ny partitionstabel oprettes. Den “Guidede partitionering” gør dette automatisk, men under manuel partitionering, flyt markeringen på topniveau-elementet for disken og tryk på Enter. Det vil oprette en ny partitionstabel på den disk. I eksperttilstand, vil du blive spurgt om partitionstabellens type. Standarden for UEFI-baserede systemer er “gpt”, mens standardværdien i den ældre BIOS-verden er “msdos”. I en installation med standardprioritet vil disse standarder blive anvendt automatisk.

Hvis du har et andet eksisterende operativsystem såsom DOS eller Windows og ønsker at bevare det operativsystem under installationen af Debian, så skal du måske ændre dine partitioner for at frigive plads for Debian-installationen. Installationsprogrammet understøtter ændring af størrelsen for både FAT- og NTFS-filsystemer; når du når til installationsprogrammets partitioneringstrin, så vælg indstillingen Manuelt og vælg så en eksisterende partition og ændr dens størrelse.

Selvom moderne UEFI-systemer ikke har sådanne begrænsninger som vist nedenfor, så tilføjer den ældre pc-bios generelt yderligere begrænsninger for diskpartitionering. Der er en grænse for hvor mange “primære” og “logiske” partitioner et drev kan indeholde. Derudover er der med BIOS'er fra før 1994–98 begrænsninger på hvor på drevet BIOS'en kan starte op fra. Yderligere information kan findes i Linux Partition HOWTO, men dette afsnit vil inkludere et kort overblik for at hjælpe dig med at planlægge de fleste situationer.

“Primære” partitioner er det originale partitioneringsskema for pc-diske. Der kan dog kun være fire af dem. For at omgå denne begrænsning, blev “udvidede” og “logiske” partitioner opfundet. Ved at angive en af de primære partitioner som en udvidet partition, så kan du underopdele al pladsen allokeret til den partiion i logiske partitioner. Du kan oprette op til 60 logiske partitioner per udvidet partition; du har dog kun en udvidet partition per drev.

Linux begræner partitionerne per drev til 255 partitioner for SCSI-diske (3 brugbare primære partitioner, 252 logiske partitioner) og 63 partitioner på et IDE-drev (3 brugbare primære partitioner, 60 logiske partitioner). Et normalt Debian GNU/Linux-system tilbyder dog kun 20 enheder for partitionerne, så du kan ikke intallere på partitioner højere end 20 med mindre du først manulet opretter enheder for disse partitioner.

Hvis du har en stor IDE-disk, og hverken bruger LBA-adressering, eller overlay-drivere (undertiden tilbudt af harddiskproducenter), så skal opstartspartitionen (boot; partitionen der indeholder dit kerneaftryk) placeres på de første 1024 cylindere af din harddisk (normalt omkring 524 megabyte, uden BIOS-oversættelse).

Denne begrænsning gælder ikke hvis du har en BIOS nyere end omkring 1995–98 (afhængig af producenten) som understøtter “Enhanced Disk Drive Support Specification”. Debian's Lilo-alternativ mbr skal bruge BIOS'en til at læse kernen fra disken ind i RAM. Hvis udvidelserne BIOS int 0x13 stor diskadgang findes, så vil de blive udnyttet. Ellers bruges den forældede diskadgangsgrænseflade som reserve, og den kan ikke bruges til at adressere en placering på disken højere end 1.023 cylindere. Når Linux er startet op, uanset hvilken BIOS din computer har, så gælder disse begrænsinger ikke længere, da Linux ikke bruger BIOS'en til diskadgang.

Hvis du har en stor disk, så skal du måske bruge oversættelsesteknikker for cylindere, som du kan angive fra dit BIOS-opsætningsprogram, såsom LBA (Logical Block Addressing) eller CHS-oversættelsestilstand (“Large”). Yderligere information om problemstillinger med store diske kan findes i Large Disk HOWTO. Hvis du bruger et oversættelsesskema for cylindere, så skal din opstartspartition (boot) passe ind i den oversatte repræsentation af den 1.024 cylinder.

Den anbefalede måde at opnå dette er at oprette en lille partition (25–50 MB bør være nok) i begyndelsen af disken til brug som opstartspartition og så oprette andre partitioner, du ønsker, i det tilbageværende område. Denne opstartspartition skal monteres på /boot, da dette er mappen hvor Linux-kernerne vil blive lagret. Denne konfiguration vil fungere på ethvert system, uanset om LBA eller large disk CHS-oversættelse anvendes, og uanset om din BIOS understøtter large disk-adgangsudvidelser.